分子動力學(xué)模擬(Gromacs)

計算樣例

1)    樣例1 2)    ;樣例2 3)    ;樣例3 4)    ;樣例4

主要功能

1) 支持基本動力學(xué)相關(guān)算法，包括牛頓力學(xué)及隨機(jī)動力學(xué)積分器、能量最小化、正則模式分析、模擬淬火等。支持溫度及壓強(qiáng)控制，支持基于SHAKE和P-LINCS的完全約束算法，支持多種幾何約束。支持包括umbrella sampling在內(nèi)的非平衡態(tài)動力學(xué)。支持FEP、essential dynamics。暫不支持const-pH 2) 內(nèi)建支持AMBER、CHARMM、GROMOS及OPLS等多種常見經(jīng)典力場及數(shù)種較少見力場。軟件通過user tables實現(xiàn)對非標(biāo)準(zhǔn)函數(shù)形式的支持 3) 支持Martini粗粒化模型 4) 支持基于GBSA的隱式溶劑模型，包括三種可選的計算Bornradii的方法 5) 支持QM/MM混合動力學(xué)，對QM部分支持的計算方法包括AM1,PM3,RHF,UHF,DFT,B3LYP,MP2,CASSCF和MMVB，可對接GAMESS、Gaussian、MOPAC、Orca等量化軟件

收費標(biāo)準(zhǔn)

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分子動力學(xué)模擬(Gromacs)

  Gromacs是用于研究生物分子體系的分子動力學(xué)程序包。它可以用分子動力學(xué)、隨機(jī)動力學(xué)或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子，進(jìn)行分子能量的最小化，分析構(gòu)象等。模擬程序包包含Gromacs力場(蛋白質(zhì)、核苷酸、糖等)，研究的范圍可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶體和生物分子溶液。Gromacs是一個功能強(qiáng)大的分子動力學(xué)的模擬軟件，其在模擬大量分子系統(tǒng)的牛頓運動方面具有極大的優(yōu)勢。

主要技術(shù)參數(shù)

1)能夠?qū)w系進(jìn)行幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化，獲得穩(wěn)定構(gòu)型，包括鍵長、鍵角、晶格常數(shù)、原子位置等 2)能夠計算體系的總能量及原子受力 3)能夠計算體系的電子性質(zhì)（波函數(shù)、能帶結(jié)構(gòu)、電子態(tài)密度、電荷密度等） 4)能夠計算體系的狀態(tài)方程、彈性常數(shù)、玻恩有效電荷、靜態(tài)介電張量、壓電張量、介電函數(shù)、磁矩、頻率等性質(zhì) 5)能夠計算表面上分子或團(tuán)簇的吸附能和反應(yīng)的過渡態(tài) 6)能夠進(jìn)行DFT+U計算 7)支持非共線磁性和自旋軌道耦合計算 8)支持從頭分子動力學(xué)（MD）計算，對MD的每一步都采用有效矩陣對角方案和有效Pulay混合求解瞬時電子基態(tài)，支持NVT和NVE 9)支持激發(fā)態(tài)完全含頻GW計算，速度達(dá)到等離子極點模型。 10)支持LDA和GGA混合泛函包括：LDA、AM05、PBEsol、PBE、rPBE、BLYP 11)支持雜化泛函包括：HSE06、PBE0、B3LYP 12)支持metaGGA泛函包括： revTPSS、TPSS、M06-L 13)支持范德華密度泛函包括：optB86b-vdW，optB88-vdW，optPBE-vdW，rPW86-vdW2，revPBE-vdW 14)支持Screened Exchange和Hartree-Fock等非局域相互作用方法 15)采用PAW（綴加波贋勢）進(jìn)行量子力學(xué)計算，涵蓋整個周期表內(nèi)所有元素的贋勢。每種元素的贋勢都按照是否處理semi-core態(tài)，分為A，A_sv，A_pv和A_d，按截斷能的大小，分為普通贗勢A，軟贗勢A_s和硬贗勢A_h 16)能夠進(jìn)行并行計算，無核數(shù)和節(jié)點限制，支持多用戶同時使用